一般食品厂洁净车间可大致分为三个区域：一般作业区、准清洁区、清洁作业区。

一般作业区(非清洁区)：一般的原料、成品、工具储存区域，包装成品转运区域等原料、成品裸露风险较低的区域，如外包装室、原辅料仓库、包装材料仓库、外包装车间、成品仓库等。

准清洁区：要求次之，如原料处理、包材处理、包装、缓冲中间(折包间)、一般生产加工间、非即食食品的内包装间等成品处理但不直接裸露的区域。

清洁作业区：指卫生环境要求*高，人员、环境要求较高，须经过消毒和更衣才可以进入，如:原料、成品裸露的处理区域，食食品的冷加工间、即食食品的冷却间、待包装即食食品的储存间、即食食品的内包装间等。建有洁净车间的食品工厂在选址、设计、布局、建设和改造时应大限度避免污染源、交叉污染、混料和差错的发生。厂区环境整洁、人流和物流走向合理。

应有适当门禁措施，防止未经批准人员的进入。